（1）继电保护整定工作更加复杂。由于采用串联电容改变了线路的原有参数，使得保护整定工作更加复杂；同时线路故障时，串补的瞬间退出或者自动投入，在电路中感应了大量的高频与低频分量，恶化了继电保护装置的工作环境。具体体现主要在对保护测量装置、距离保护和对高频保护的影响。
（2）可能引发次同步谐振。串联在线路中的电容在运行中可能会引起感应发电机效应，从而引发次同步频率的电气谐振。工况不好时，还可能在某种轴系固有频率的配合下，引发更为严重的机电复合共振。在这种情况下，有可能使发电机组产生远大于机端出口多相短路时的电磁与机械应力，形成对发电机轴系的巨大冲击，加速其寿命损耗，引起疲劳变形，严重时将导致大轴出现裂纹甚至断裂，危及电力系统的安全运行。
（3）可能引起发电机组的自励磁和电网的铁磁谐振。一般说，串联电容补偿度 KC 越大，线路等值电抗越小，对提高稳定性越有利，但 KC 的增大要受到很多条件的限制。如果 KC 值选择比较大，则由于采用串联电容补偿后将使发电机外部电路的总电抗可能呈现容性，此时发电机送出的电容电流将产生助磁电枢反应，使发电机电动势升高。在增大了的发电机电动势的作用下，发电机外电路的对地电容又产生一个更大的充电电流，进而产生更大的助磁电枢反应使发电机电动势进一步升高。这个过程将一直持续到发电机的磁路饱和为止，即产生了所谓的 “自励磁”现象。除发电机外，电网中还有许多其他的铁芯电感元件，如变压器、PT、并联电抗器等，大都为非线性元件。串联于输电线路上的补偿电容与这些元件构成许多复杂的振荡回路。如果在某种运行方式下满足一定的条件，将可能激发起持续时间较长的铁磁谐振，引起电网过电压。
（4）串联电容补偿装置本身的问题。体现为首先电容器是串补装置的主要元件，它的性能及运行的可靠性对串补装置的运行起到关键性的作用。串补所采用的电容器通常有两种：外熔丝与内熔丝。实际运行中这两种电容器都暴露出一些缺点。如外熔丝电容器受外部气候条件的影响较大，环境恶劣时熔丝误动作的几率较高，使因熔丝
动作而造成的运行中断相对较多，同时由于设备外置，箱体损坏的可能性也比较大，运行维护费用较高。另外，如果发生故障时熔丝的动作时间较长，故障元件的故障点在电流的作用下将不断产生气体，有可能使电容器单元外壳破裂退出运行，使电容器组损失的容量增大，结果造成其他运行电容器单元上的电压较高。同样对内熔丝电容器，则会出现在电容器单元的端子与其外壳之间故障时熔丝无法动作，并且电容器元件及电容器单元故障无法直接看到，必须用专用仪器定期测量，维护工作量很大。其次，MOV是保护电容的主要元件。由于 MOV动作无时延，所以无论区内还是区外故障，MOV吸收能量的速度都很快，承受的短路电流也比较大。具有大能量吸收能力的 MOV的制造成本比较高，会使整套串补装置的投资大大增加。但是若采用热容量较小的 MOV，随着电网规模的不断扩大，可能无法满足电网运行的需求，所以需要根据运行电网的实际情况来选择适合容量的 MOV。