九寨沟全民信奉本教，本教现在被认为是藏传佛教的组成部分。本教是佛教传入西藏之前流行于藏区的原始宗教，相信万物有灵。在中国本教存在的地方不多，因此有很大的保护价值。在九寨沟，宗教和日常生活息息相关，沟内有当地藏族的主要宗教活动场所扎如寺和转山朝拜的神山扎依扎嘎山。每年，在扎如寺有良美都钦、麻孜助钦、郎介东确和顾朵四次盛大的宗教庆典。每月阴历十五，当地藏民还会自发组织到扎依扎嘎山转山。