全流域水资源总量为880.28亿立方米，其中地表水资源量和地下水可开采量合计为851.5亿立方米。地表水资源总量为734.7亿立方米，其中嫩江为227.3亿立方米，占30.9%；松花江正源为172亿立方米，占23.5%；松花江干流334.8亿立方米，占45.6%。
松花江流域水能资源丰富，并以嫩江、西流松花江干流、牡丹江较为集中。流域内水能理论蕴藏量1万kW以上的干支流河道有7l条，总的理论蕴藏量为659.85万kW，其中西流松花江干支流为139.82万kW，占全流域的21.2%；嫩江干支流为227.12万kW，占34.4%；松花江干流及其支流为292.91万kW，占44.4%。
河流浮游植物生物量及组成（毫克/升）：浮植物总计7.00,其中硅藻73.7%,绿藻5.4%,蓝藻0.1%,甲藻5.1%,金藻黄藻8.3%,裸藻0.4%。
河流浮游动物生物量（毫克/升）：原生生物量0.09,轮虫生物量1.52,枝角生物量0.02,桡足生物量0.08,总生物量1.7,春季生物量2.63,夏季生物量2.93,秋季生物量1.77,冬季生物量0.54,季节平均量1.97。(以上资料来源于中国渔业区划)
20世纪六七十年代的松花江鱼类资源十分丰富，“三花五罗”、大白鱼、鳜鱼等名贵品种早就闻名于世，全流域鱼类品种达77种。