经一段时间养殖后，水族箱和养殖鱼池水体中的有机物及悬浮物质增加，水质逐渐恶化，并且鱼病病原体也逐渐增加。因此，在鱼病流行季节，应定期进行水体消毒，以杀灭水体中或鱼体上的病原体。水体消毒即在养殖水体中遍洒药物。池塘中最常用的药物是生石灰，生石灰不仅具有一定的杀菌作用，而且有良好的改善水质的功效。因此，也常作为内部器官疾病治疗前消毒水体的辅助用药。每667平方米深1米的水面，用量为20～25千克。优良的水体消毒剂、杀菌的还有漂白粉（1毫克／升）、漂粉精（0.1～0.2毫克／升）、二氯异氰尿酸钠（又名优氯净，0.3毫克／升）、三氯异氰尿酸（又名鱼安、强氯精，0.3毫克／升）、氯胺T（又名氯胺T钠，2毫克／升）；杀虫药有硫酸铜、硫酸亚铁合剂（5∶2，0.7毫克／升），90％晶体美曲膦酯（0.2毫克／升），灭虫灵（0.5毫克／升）等，这些药物也都可用于水族箱的消毒。