七彩神仙鱼具有骨骼、肌肉、消化、循环、神经、内分泌和泌尿生殖等器官。骨骼分脊椎骨、头骨、鳃盖骨、肋骨、颌骨和肌间刺等，支撑全身。头骨腔内有脑。脑分端脑、间脑、中脑、小脑和延脑。延脑与脊髓相连，组成中枢神经系统。头部咽喉两侧与口腔相连处是鳃，鳃由鳃弓、鳃耙和鳃片组成。鳃弓为弓形软骨，其外侧生有鳃丝，密集成片状，布满微血管，呈鲜红色。微血管中的血液在此处释放出二氧化碳，吸入水中氧气，完成气体交换。鳃耙生在鳃弓内侧，呈细齿状。鱼不停地用口吸水，又由鳃孔不停地排出，这样可起到呼吸的作用。
体腔内有心脏、鳔、肠、肝脏、胆囊、脾脏、胰腺和泌尿生殖腺等内脏器官。鱼鳔是鱼类特有的器官，主要是调节鱼体相对密度控制沉浮。当鳔内充满气体时，鱼体上浮；反之，则下潜。七彩神仙鱼是杂食性鱼类，肠道较草食性鱼类的短且粗，食管下方与肠连接处略为膨大，是胃的雏形；肠末端是肛门，开孔于腹部，肛门后还有泌尿生殖孔。