恒温器是能使水温保持在设定温度上的装置，如果水温比设定的温度高，加热器就会自动断开电源，水温低，加热器就会自动启动。
恒温器一般分为两种。一种是双金属恒温器，这种恒温器主要是利用两块热膨胀率不同的金属片来控制加热器电源的接通与否，从而维持水族箱的恒温。
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另一种是装有集成电路传感器的电子恒温器。电子恒温器与双金属恒温器相比，安全性高，温度误差小，所以很受欢迎。
值得注意的是，恒温器缺乏将水温下降的功能。当水族箱里的水比设定的温度高时，亦即夏天水温过高时，还应准备冷却扇等设备。