20世纪60年代初，毛泽东发出号召，要开展三线建设。人们纷纷响应号召，走进阿坝州、甘孜州及凉山州九寨沟，在这里建起了两个林场砍伐地。
1966年至1976年，九寨沟的两个林场停砍十年，生态得到了一些恢复。1975年国家农牧渔业部的一个工作组在对九寨沟进行了综合考察后认为，九寨沟不仅蕴藏了丰富、珍贵的动植物资源，同时也是世界上少有的优美风景区。
同年，国内著名的林学家吴中伦对九寨沟进行了全面的考察。吴中伦身临其境感慨万分地说：“我到过欧美数国，也从未见过这样的奇美的自然景观，一定好好的保护起来。”随后，他把保护九寨沟生态环境的建议上书到四川省有关部门。四川省林业厅十分重视，立即通知南坪林业局：九寨沟周围以外才能砍伐，这是林业部门保护九寨沟最早的一个措施。
1977年，四川省珍贵动物资源调查队对九寨沟的动物群落进行调查后，将结果写入了《四川珍贵动物资源调查报告》。1978年12月，九寨沟建立了固定级自然保护区。1979年，两个林场从九寨沟迁了出来。1980年，九寨沟自然保护区管理处成立，游客也越来越多。1982年，九寨沟成为国家首批重点风景名胜区。
1992年12月14日，经联合国教科组织世界自然遗产委员会表决，一致通过将九寨沟与黄龙列入《世界自然遗产名录》，并颁发了证书