武帝元狩元、二年间，即公元前122 年或前121 年，董仲舒"致仕悬车"，回到了自己家里。据《史记·儒林列传》载，从此，董仲舒即"居家，至卒，终不置产业，以修学著书为事"。《汉书·董仲舒传》也基本上照录了这个说法，不过还记载有："朝廷如有大议，使使者及廷尉张汤，就其家而问，其对皆有明法"。这就是董仲舒在他生命的最后一个阶段的主要活动。这段时间大致有十七、八年。
　　关于朝廷大议的问对事，在其生卒年的考察中我们已叙述了大部，现归总略述如下：第一，自元狩元年至元狩三年，主要是有关淮南、衡山、江都三王的谋逆罪决狱的问对，以及天子的郊祀对。据《后汉书·应劭传》载，张汤问得失，"于是作《春秋决狱》二百三十二事"；《郊祀对》则见于《春秋繁露》。第二，元狩三年，为关中水灾，上书劝"益种宿麦。"第三，元狩三年或四年，为"限民名田"、"盐铁皆归于民"及"去奴婢"事，应对上书。
　　第四，元封四年，就与匈奴和亲事应对，建议和亲、与盟、质其爱子。
　　由此表明，董仲舒退居之后，朝廷遇有大议，的确非常重视倾听董仲舒的意见。而董仲舒也总是"对皆有明法"。可以看到，董仲舒的应对，有的已被皇帝所采纳，当即或以后变成了诏令，而付诸实施了，如"益种宿麦"事和"限民名田"事；有的也变成了诏令，付诸实施，但未获结果，如其在匈奴问题上的应对；有的则显然有错误，如关于"盐铁皆归于民"的提议，故而未被朝廷采纳。但无论如何，从董仲舒应对总体来看，还是贯穿了其儒学的仁德精神的，而且凡是对朝廷有利的，也都被采纳了，只有盐铁一事未用。董仲舒退居之后，除应对朝廷大议的问题外，最重要的活动就是著书。
　　据班固说："仲舒所著，皆明经术之意。"①实际当然决非仅明经义，而是以一生所得要义建构了一套完整的以孔孟的思想为核心、以阴阳五行为构架、广泛吸收了先秦诸子思想的新儒学体系，以适应秦汉以来所实行的以皇帝为总代表的中央集权的封建王朝的需要。这个新儒学体系有以下几个方面的主要内容：以神秘的自然神论之"天"为最高范畴和以"天人感应"论为核心的宇宙论；"变而有常"的天道观；真天意、辨物理的认识论；质朴之谓性和待教而善的人性论；以"三纲"、"五常"为核心的封建伦理思想；取法于天的王道论；独尊儒术的大一统论；主张"更化"的社会改革思想；以及承认"汤武革命"的"三统"、"三道"的社会进化历史观，等等。这个儒学体系之所以说"新"，就在于它具有与孔子及先秦其他儒家不同的特点，概略他说主要有以下几点：第一，董仲舒的"天"与孔子不同，它不单是"至上神"，而且具有封建伦常意义和自然物质性，它是此三者的合一物，我称它为自然神；同时也不再如孔子那样敬而远之，而是强调了"天人感应。"第二，在继承孔子的忠、孝、仁、义、礼、智等思想的基础上提出了"三纲"、"五常"的观念，并与阴阳、五行的关系相比附，使之普遍化理论化。第三，他的人性论与孔子的"惟上智与下愚不移"不同，并综合了孟子① 《汉书·董仲舒传》。