镜检就是用显微镜或解剖镜对病鱼进行更深一步的检查。有些鱼病可以是多种症状的并发症，也有一些病症在不同病中的表现是相似的。这样的情况，就必须判断哪种病是主要的，哪种病症是次要的。光凭目检，对病的诊断不够确切，必须要找出病原。因此，除一些比较明显，凭目检可以有把握的诊断外，一般都必须进行镜检。
镜检的方法是从病变部位取少量的组织或黏液置于载玻片上。如果是体表和鳃的组织或黏液，要加上少量的水，如果是内脏组织则用生理盐水（0.85％食盐水）。然后盖上盖玻片，并稍加压平，于显微镜下进行观察（没有显微镜，可用倍数较高的放大镜）。由于镜检只能检查其中很少的一部分组织，从整个病变部位或器官来说，能检查到的面积是很小的，因此最好能多检查几个不同点的组织，至少检查3个不同点。
在整个诊断过程中，应把调查到的材料，结合各种鱼病流行季节、各阶段的发病规律，进行分析比较，作出正确诊断，并及时对症下药。