一般早期的鼻咽癌几乎感觉不到身体有任何不适。当肿瘤扩张浸润发展，瘤体表面的黏膜破溃或发生感染时，患者才会出现少量鼻出血或带血丝的鼻涕，此时极易被人忽视。人们往往以为，早晨起床后从口内吸出的鼻咽分泌物（俗称鼻咽痰）带有血丝或血块是有热、上火或发炎，其实并不那么简单。
还有的鼻咽癌患者初起时为单侧鼻塞，随着肿瘤长大，鼻塞现象逐渐加重，继而出现两侧鼻塞。若肿瘤发生在耳咽管附近，则会堵塞耳咽管造成中耳腔气压失去平衡而出现耳鸣、听觉减退，甚至耳聋，有的还引起化脓性中耳炎。
鼻咽癌引起的头痛症状也相当普遍，一般为一侧固定性或持续性头痛，多由肿瘤侵犯到颅骨或压迫到脑神经时所造成。随着病情的发展，当鼻腔被全部堵塞时，患者鼻咽部会流出腐臭的分泌物，说话时鼻音极重，口臭也重。
肿瘤再发展下去，多出现颈部淋巴结转移。患者单侧淋巴结肿大，开始时会摸到一个能活动且无疼痛的小肿块，以后肿块越来越大，如果受到感染时，就会出现红肿和疼痛。继之肿块因癌症侵袭淋巴管周围的组织而粘连固定，变得像是生了根般的固定不移，推之不动。不过亦有少数肿瘤局限在鼻咽部周围，不会出现颈部淋巴结肿大。