一般来说，采用有机农耕方式生产的作物，其营养成分优于非有机作物。
有机耕种的草莓有更强的抗癌细胞增生能力。而食用有机食物可以降低儿童过敏症的风险。
荟萃研究表明，有机食物的各种抗氧化剂水平比使用农药化肥生产的食物提高约20%（10%~50%）。
由于生长环境的影响，有机和非有机种植的蔬菜水果携带不同特征的菌群。这些菌群有可能影响食用者消化道菌群的平衡。
因为现代的非有机农耕方式，来自细菌的营养素如维生素B12已经不存在于农作物中。
因此素食者需要确保每天至少摄入2.4微克维生素B12以避免这种营养素的缺乏。