根据现有的数据，非有机食品的最大问题在于农残（即农药残留），而营养素的降低是较为次要的考虑因素。
如何有效地去除非有机食物的农残？当前施用最多的农药包括有机磷和有机氯两大类。
对于有机磷农药，使用酸性、碱性，或者5%食盐溶液清洗10分钟，都可以非常有效地去除（去除率达到或接近100%）。而自来水清洗10分钟只能去除12%~13%。
去除有机氯农药，酸性和碱性溶液比食盐或过氧化氢溶液更有效。酸性溶液中，醋的效果不如柠檬酸或维生素C溶液；而碱水比食醋的效果更好（90%）。自来水的去除能力只有10%。
环保酵素稀释液在非严格设计的实验条件下，也被发现可以有效去除农残。但是这种方法尚未被严格的科学实验所确证。如果有效，酵素本身的酸性可能是原因之一。